Сначала создайте необработанный фрейм данных:
import pandas as pd
data = [
{'Depart': 'Dep_1', 'Employee': 'Emp_1', 'Employee_card': '101', '1': '97', '2': '16', '1_1': '38', '2_2': '86'},
{'Depart': 'Dep_2', 'Employee': 'Emp_2', 'Employee_card': '102', '1': '7', '2': '10', '1_1': '3', '2_2': '58'},
{'Depart': 'Dep_2', 'Employee': 'Emp_3', 'Employee_card': '103', '1': '15', '2': '96', '1_1': '8', '2_2': '36'},
{'Depart': 'Dep_1', 'Employee': 'Emp_4', 'Employee_card': '104', '1': '41', '2': '12', '1_1': '40', '2_2': '49'},
{'Depart': 'Dep_3', 'Employee': 'Emp_5', 'Employee_card': '105', '1': '75', '2': '88', '1_1': '60', '2_2': '26'},
{'Depart': 'Dep_1', 'Employee': 'Emp_6', 'Employee_card': '106', '1': '37', '2': '51', '1_1': '33', '2_2': '31'},
{'Depart': 'Dep_3', 'Employee': 'Emp_7', 'Employee_card': '107', '1': '64', '2': '90', '1_1': '13', '2_2': '34'}
]
raw = pd.DataFrame(data)
print(raw)
# 1 1_1 2 2_2 Depart Employee Employee_card
# 0 97 38 16 86 Dep_1 Emp_1 101
# 1 7 3 10 58 Dep_2 Emp_2 102
# 2 15 8 96 36 Dep_2 Emp_3 103
# 3 41 40 12 49 Dep_1 Emp_4 104
# 4 75 60 88 26 Dep_3 Emp_5 105
# 5 37 33 51 31 Dep_1 Emp_6 106
# 6 64 13 90 34 Dep_3 Emp_7 107
После этого вы можете растопить и объединить результат с новым фреймом данных:
shared_vars = ['Depart', 'Employee', 'Employee_card']
df1 = raw.melt(id_vars=shared_vars, value_vars=['1', '1_1'], var_name='_',
value_name='1').drop('_', 1).set_index(shared_vars)
df2 = raw.melt(id_vars=shared_vars, value_vars=['2', '2_2'], var_name='_',
value_name='2').drop('_', 1).set_index(shared_vars)
df = pd.concat([df1, df2], axis=1)\
.astype({'1': int, '2': int})\ # for sorting
.sort_values(by=shared_vars + ['1', '2']) # sort all columns
print(df)
# 1 2
# Depart Employee Employee_card
# Dep_1 Emp_1 101 38 86
# 101 97 16
# Emp_4 104 40 49
# 104 41 12
# Emp_6 106 33 31
# 106 37 51
# Dep_2 Emp_2 102 3 58
# 102 7 10
# Emp_3 103 8 36
# 103 15 96
# Dep_3 Emp_5 105 60 26
# 105 75 88
# Emp_7 107 13 34
# 107 64 90