Вы должны сделать отступ для любого блока кода относительно элемента списка, к которому он принадлежит, то есть как для первого, так и для второго блока кода:
## R Markdown
1. First item in list
+ run this R code:
```{r cars}
# code...
```
and look at the output
+ Continuing a list at the same level after an R chunk works.
2. Second item
```{r}
# example code
```
+ Continuing a list at an increased level of indentation does work.
таким образом, продолжая элемент списка после дополнительной работы блока кодадля правильной обработки новых элементов списка: