Может быть, вам нужно транспонировать свои данные и представлять столбцы в виде строк, а строки - в виде столбцов.
Или как alroc говорит, что вы можете разбить его на несколько таблиц и разделить ключ между этими таблицами.10 таблиц с 1024 столбцами, первая таблица будет иметь первичный ключ, а все остальные таблицы будут иметь внешний ключ к этой таблице.
Кроме того, даже не зная, как выглядят ваши данные, сложно комментировать дальше.Возможно, вам лучше всего подойдет нормализация через пакет служб SSIS.