Если оба FileSystemWatchers отслеживают одну и ту же папку и события (ии) (переименование файла, файл прибыл и т. Д.) И один и тот же шаблон фильтра (* .txt и т. Д.), Тогда да, они будут конфликтовать друг с другом.
Если какой-либо из параметров настройки отличается, проблем не будет.