Вы можете использовать команду, чтобы отключить двоичное ведение журнала для сеанса, чтобы делать то, что вы хотите.
SET SQL_LOG_BIN = 0;
TRUNCATE TABLE ;
SET SQL_LOG_BIN = 1;
Для этого требуется, чтобы у вас была привилегия SUPER, поскольку вы фактически прерываете репликацию, не отправляя TRUNCATE на ведомое устройство.