Ваш File Watcher настроен не полностью.
Сейчас он сохранит сгенерированный файл рядом с источником ... но вам нужно 2 папки.
Вы правильно настроилив Output paths to refresh
.. но этот файл сообщает IDE, какой файл проверять по завершении работы средства просмотра файлов.Это не то место, где будет создан сгенерированный файл.
Вам необходимо изменить поле Arguments
.
- В настоящее время у вас есть ...
$FileName$ $FileNameWithoutExtension$.css
... - Вам нужно отрегулировать путь там - он должен быть ...
$FileName$ ../../css/$FileNameWithoutExtension$.css
... - потому что именно здесь вы указываете такой путь.
(ведущий и конечный "... "означает другие параметры, которые у вас есть)