Мы создаем изображения, подобные следующим в Excel.Необработанное изображение импортируется и размещается в обычно правильной области внутри аннотаций, которые сами являются изображениями, связанными с диапазонами, содержание которых различается в зависимости от выбора, сделанного пользователем.
Абсолютная позиция и размеры каждогоаннотация должна быть скорректирована вручную для каждого изображения.Количество названий образцов может варьироваться (до 12 дорожек образцов).Размерный ряд слева также может варьироваться в зависимости от размера анализируемого белка.
После того, как все правильно откалибровано и выровнено, диапазон, содержащий необработанные изображения + аннотации, копируется и сохраняется как jpg (которыйзатем импортируется в базу данных Access).
Несмотря на то, что мы автоматизировали некоторые части этого с помощью VBA, процесс настройки каждого изображения (ширина столбцов, размер текста, положение размерной лестницы и т. д.) можеточень утомительноКонечно, есть какое-то программное обеспечение, которое сделает этот процесс более эффективным.Один из наших сотрудников уходит на часы и корректирует около 10-20 этих изображений.
Любые рекомендации приветствуются.
Эта процедура называется электрофорезом.Образцы (в данном случае белки) загружают в полиакриламидный гель (каждый образец в своей «полосе») и протягивают через гель с помощью электричества.Этот процесс разделяет все белки в каждой дорожке по размеру и заряду.
«Лестница» представляет собой раствор различных белков известного размера.Он используется для определения размеров белков в других дорожках.
Изображение слева содержит диапазон размеров в лестнице (в данном случае 10, 15, ... 150, 200).Каждый «шаг» в изображении лестницы выравнивается по черным полосам, которые появляются в дорожке лестницы в эксперименте (в этом случае фактическая полоса лестницы, которая содержит черные полосы, отсутствует ... она обрезается после выравнивания, чтобы улучшитьобщий вид изображения).
Изображения справа являются названиями белков и указывают на место на геле, где этот конкретный белок должен появиться.Например, предполагается, что белок актин должен выходить примерно на 42 килодальтон.Тот факт, что в этом месте есть заметная черная полоса, является хорошим подтверждением того, что этот образец содержит актиновый белок.
Многие гели также описывают источник образца сверху или снизу.Так, например, если образец в дорожке 1 был получен из клеток печени мыши, дорожка 1 будет помечена как «печень мыши».
Необработанное изображение захватывается в лаборатории и сохраняется в формате jpg.Этот jpg затем вручную копируется непосредственно в лист Excel, где обрезаются посторонние части изображения.Обрезанное изображение затем перемещается в область листа, которая содержит аннотации (лестница, названия белков, названия образцов).Эти аннотации сами являются изображениями (связаны с другими диапазонами в рабочей книге, которые меняются при каждом эксперименте ... названия белков, образцы образцов, тип лестницы могут отличаться для каждого эксперимента).Эти аннотационные изображения требуют точного позиционирования в каждом случае (как описано ранее) для выравнивания по дорожкам и размерам белка.После того, как все выровнено, оно сохраняется как jpg и перемещается в Access.
Мой вопрос: есть ли уже программное обеспечение, разработанное специально для подобных задач?Так же, как Excel не является программой базы данных, это также не программа аннотирования изображений.Я хочу знать, есть ли приложение, готовое к работе, которое специально разработано для аннотирования изображений элементами, которые могут варьироваться от изображения к изображению.
Конечно, все равно будет необходимость вручнуюперемещение элементов вокруг изображения, чтобы все выровнялось (я не ищу здесь чуда).Я думаю, что для этого должно быть что-то лучше, чем Excel.