Вы можете указать более одного поля для вашего уникального ограничения, попробуйте:
uniqueConstraints={@UniqueConstraint(columnNames={"userid", "organizationid"})}
При этом ваше ограничение проверяет, является ли комбинация идентификатора пользователя и имени организации уникальной.
С наилучшими пожеланиями,
Fabian