Если Unity имеет ссылку на объект из любого другого объекта, загруженного в память, он будет загружен в память.
Так что, если у вас есть что-либо в массиве уровней, он будет загружен, да.
Как правило, это не проблема, ScriptableObjects должен быть довольно легковесным, но вы должны знать, на что ссылаются ваши ссылки, например, если ваш уровень содержит ссылку на префаб GameObject, все, что ссылки GameObject будут загруженытоже, и это идет по всей цепочке.