Jena кажется законченным решением, поэтому расширять его сложно.(Если это были плагины OSGI, вы можете установить его в Eclipse и использовать дополнительные функции Eclipse.)
Если вы сохранили свой RDF в виде XML и имеете метамодель UML / Ecore для RDF, то вы можете использовать Eclipse OCLоснастка отдельным инструментом.