То, что вы видите, является результатом Муарового паттерна из-за разницы в пространственной частоте между вашими точками и пиксельной сеткой экрана.
Чтобы устранить проблему, увеличьтеразмер вашей фигуры / осей, чтобы у вас было достаточно пикселей, чтобы показать все точки в ваших данных.
посмотрите, например, разницу между этими двумя графиками:
fig = plt.figure(figsize=(3,3))
plt.scatter(xmesh,ymesh,s=0.5)
fig = plt.figure(figsize=(6,6))
plt.scatter(xmesh,ymesh,s=0.5)