Я подозреваю, что наименование метода вводит в заблуждение spring-jpa.
Кроме того, spring-data может автоматически генерировать запрос подсчета для вас, вам не нужно его предоставлять при условии, что вы следуетеправильное соглашение об именах:
@Repository
public interface MyTableRepository extends JpaRepository<MyTable, BigInteger> {
long countByMyId(BigInteger myId);
}