У меня все получилось, мне пришлось использовать printAbove, чтобы удалить строку, добавленную при чтении строки, и установить BRACKETED_PASTE в значение false, чтобы удалить скобки, добавленные на этапе очистки:
final TerminalBuilder builder = TerminalBuilder.builder(); builder.jansi(false);
builder.streams(in, out);
terminal = builder.build();
reader = LineReaderBuilder.builder().terminal(terminal).build(); reader.option(BRACKETED_PASTE, false);
reader.printAbove(StringToPrint);
terminal.writer().print(StringToPrint);