В вашей команде GraphicsMagick вам не хватает одного шага, вы не указываете, какой цвет вы хотите заменить.Вам нужно добавить опцию непрозрачный , чтобы выбрать цвет фона вашего изображения:
gm('test.png')
.fill('white')
.opaque("black")
.write('out.png', function (err) {
if (err) console.log(err);
});
Обратите внимание, что, возможно, есть и другие способы сделать это.
ImageMagick doc: Заменить определенный цвет