При рисовании PloyLine сохраните его в глобальной переменной. Если есть несколько PolyLines, сохраните их в списке.Используйте метод polyline.getPoints() в переменной PolyLine, он даст вам List<LatLng>
Редактировать: Если вы хотите несколько точек, просто найдите центральную точку между двумя точками, проверьте midpointмежду двумя широтой и долготой