как настроить это правило для добавления www, только если не указан субдомен?
Установить условие, чтобы оно работало только для вашего основного домена:
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^[^.]+\.[^.]+$ [NC]
RewriteRule ^ https://www.%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [R=301,L,NE]
Обязательно проверьте это в новом браузере, чтобы избежать старого кэша.
Regex ^[^.]+\.[^.]+$
будет сопоставлять любой домен с одной точкой доступа, поэтому он будет пропускать субдомены.