Они оба будут работать, однако у asp.net ajax есть встроенная возможность использовать сервисы asmx, что избавит вас от необходимости разбора данных.
jQuery, к счастью, имеет возможность заставить себя работать на странице, где уже существует другая инфраструктура javascript, используя опцию «NoConflict». Таким образом, вы можете использовать как asp.net ajax (для служб asmx), так и jQuery для всего остального, если хотите.