Да, вы можете индивидуально скомпилировать свои ресурсы,
1) Добавив к вам каждый отдельный файл, массив Rails.application.config.assets.precompile
2) Ссылка на каждый файл JS / CSS с помощью javascript_include_tag
или stylesheet_link_tag
3) Удаление ссылок на звездочки в ваших application.js
& application.css
файлах
В конечном итоге вы будете идти против лучшей практики предоставления одного, большего, JS/ CSS-файлы (более медленное время загрузки), и это будет сложнее поддерживать.
В качестве альтернативы, я бы предложил вам разобраться с упомянутыми вами проблемами, исправив порядок загрузки в файлах application.js/css
так, чтобыони могут быть объединены правильно без ошибок.