Ну, краткий ответ - нет.
Однако вы можете редактировать сгенерированный MSI с помощью редактора, подобного Orca , который позволяет изменять семейства или размеры шрифтов, но не так близко к включению ClearType, как это контролируется Windows.
С учетом сказанного, согласно this кажется, что WIX поддерживает ClearType. Любой, кто начинал с установщика VS, в конечном итоге получил одно предупреждение, которое заставило их перейти на WIX, NSIS или коммерческое решение. Ваш может быть самый уникальный мотив:)