Работает ли профилировщик NetBeans с Eclipse?
Нет, насколько я знаю, но нет никаких проблем при использовании его рядом с Eclipse. Это то, что я сделал, когда мне был нужен профилировщик.
Вы также можете использовать профилировщик из VisualVM (входит в ваш JDK), который также основан на профилировщике NetBeans.