Всегда есть возможность использовать -mno-cygwin
с Cygwin для компиляции с библиотеками Windows, как это делает MinGW:
gcc -mno-cygwin file.c -o test
Это нелегкий выбор, и в основном он зависит от того, насколько вы будете полагаться на другие библиотеки. Cygwin действительно добавляет дополнительный слой, который тяжелее, но «эмулирует» среду Linux лучше, чем MinGW.
Edit:
Qt Creator позволяет вам компилировать с MinGW в Windows (и gcc в Linux, ...), имеет IDE, что делает отладку более удобной, чем gdb Если вам нужны библиотеки, у вас все еще есть возможность использовать библиотеки Qt. Это было бы хорошим альтернативным решением для Visual Studio, если вы действительно хотите придерживаться gcc для будущей переносимости.