Не все файлы PNG создаются одинаково.
Существует множество способов указания информации о пикселях в PNG, этот документ показывает 8 основных типов.В зависимости от типа вашего файла каждый пиксель может иметь 1, 2, 3 или четыре значения, связанные с каждым пикселем.
Я предполагаю, что файл, который вы пытаетесь открыть, - это RGB с альфа-каналом.Вы можете использовать отправку информации о пикселях в список и перебирать ее следующим образом:
pixel = img[x, y]
r, g, b = pixel[0], pixel[1], pixel[2]
Вы можете попытаться определить тип PNG, с которым вы имеете дело, или вы можете преобразовать свое изображение в RGB, используя:
img_file = img_file.convert('RGB')