Ошибка чтения и разбиения файла Python 2.7

Question

Я пытаюсь прочитать и разделить значения из файла (exon_coordinates.txt) на основе значения ",".Сценарий, который я написал, выглядит следующим образом:

input_dna = "input_dna.txt"
file_1 = open (input_dna).read().rstrip("\n")
exon_coordinates = "exon_coordinates.txt"
file_2 = open (exon_coordinates).read().rstrip("\n")

for line in file_2:
    print (line)
    positions = line.split (',')
    print (positions)
    start = int(positions [0])
    stop = int(positions [1])
    exon = file_1 [start:stop]

exon_coordinates.txt содержит следующие значения:

0,10
19,27
38,44

input_dna.txt содержит следующую строку ДНК:

ACTGATCGATTACGTATAGTAGAATTCTATCATACATATATATCGATGCGTTCATCTGATCGA

Однако, когда я печатаю позиции, вывод будет следующим:

0
['0']
,
['', '']
1
['1']
0
['0']

['\n']
1
['1']
9
['9']
,
['', '']
2
['2']
7
['7']

['\n']
3
['3']
8
['8']
,
['', '']
4
['4']
4
['4']

Я ошибаюсь в сценарии или что-то не так в созданном мной файле exon_coordinates.txt?Я биолог, не имеющий никакого опыта в написании сценариев.Моя проблема может быть очень простой, но я был бы очень признателен за вашу помощь.Заранее большое спасибо.

Answer 1

Вы смешиваете строки (результат 'read') со списками строк (я думаю, что вы ожидаете от for line in file_2) Может быть, именно так вы и собираетесь читать file_2:

with open (exon_coordinates) as file_2:
    for line in file_2:
        positions = line.strip().split(',')