Вам нужно реализовать счетчик для ваших циклов for для итерации по входной строке.То, что вы делаете сейчас, это заполнение вашего 2D-массива третьим элементом вашей строки.
Одним из решений будет просто объявить переменную i = 2 и увеличивать ее для каждого прохода внутреннего для-loop.
int i = 2
for (int col = 0; col < acols; col++){
for (int row = 0; row < arows;row++){
cells[row][col] = Integer.parseInt(s[i]);
i++;
}
}
Редактировать: удалено <= в цикле строки, изменено начальное значение индекса на 2 </p>