Как уже говорили другие, POI не позволит вам сделать что-то действительно интересное - плюс он не поддерживает форматы Office 2007+. Рассмотрение MS Word как компонента, обеспечивающего этот тип функциональности через COM, является наиболее подходящим подходом здесь (если вы не работаете в ОС, отличной от Windows, или просто не можете гарантировать, что Word будет установлен на машине). *
Если вы идете по COM-маршруту, я рекомендую вам заглянуть в проект JACOB . Вам нужно быть знакомым с COM (у которого очень крутая кривая обучения), но библиотека работает довольно хорошо и проще, чем пытаться делать это в нативном коде с помощью JNI-оболочки.