Как насчет правила перезаписи идентичности с флагом «last» в верхней части ваших правил?
Например, чтобы исключить «/a-file-outside-of-rewriting.html» из текущего набора правил, может помочь следующая конфигурация:
# http://~/outside-of-rewriting.html will be rewritten to itself (i.e., unmodified).
# then no more rules will be applied (because it has “last” flag.)
RewriteRule ^/a-file-outside-of-rewriting.html$ $0 [L]
RewriteRule ^/any/other/rules(/.*) $1
RewriteRule ^/already/exist(/.*) $1
# ...