возможно ли прочитать 2 разных файла с помощью Springchatch Itemreader (в Single reader)
Нет, это невозможно.Вам нужно будет использовать два шага, каждый из которых имеет отдельную программу чтения для конкретного файла.
Для вашего случая использования один из методов заключается в размещении данных во временных таблицах (может быть в памяти) и объединении / сравнении./ фильтровать данные в этих таблицах перед записью.
Надеюсь, это поможет.