Я предполагаю, что вы используете PyDev для Eclipse.Если нет, то вам, вероятно, следует установить его, поскольку он очень удобен.
Перейти к Предпочтениям-> PyDev-> Редактор.Там вы можете настроить цвета.
Редактировать: Вот как это выглядит с PyDev: 6.5.0.