Площадно-пропорциональные диаграммы Венна с использованием пакета venn.diagram

Question

Я прочитал в другой закрытой ветке, чтобы прокомментировать, что можно создать пропорциональную диаграмму Венна с использованием пакета venn.diagram в R.

Я адаптировал код к своим данным (списки генов), ноплощадь кружков не коррелирует с длиной векторов данных.

Есть предложения по решению этой проблемы?

Спасибо!код и вывод ниже.

ОБРАЗЕЦ КОДА

venn.diagram(x = list(G015_All, G08_Female, G015_Male),
                 na = "remove",
                 category.names = c("G015_All", "G08_Female", "G015_Male"),
                 fill = c('lightyellow', 'paleturquoise', 'lightgreen'),
                 alpha = c(0.5, 0.5, 0.5),
                 cex = 2,
                 cat.fontface = 4,
                 lty =2,
                 fontfamily =3,
                 filename = "VennPlot.png",
                 imagetype = "png",
                 output = T)

ВЫХОД

Answer 1

Для этого есть несколько пакетов R, каждый с разными подходами.Моя собственная попытка nVennR рисует пропорциональные круги, которые заключены в линии на диаграмме.Вы можете прочитать виньетка для примеров того, как ее использовать.Существует также веб-сервер на срок до шести комплектов.Я попытался воспроизвести диаграмму, которую вы показываете в качестве примера.Мне пришлось вводить заданные размеры вручную, но диаграмму также можно составить из списков, как в вашем примере (как показано на виньетке):

> library(nVennR)
> myV <- createVennObj(nSets = 3, sNames = c("G015_All", "G08_Female", "G015_Male"), sSizes = c(0, 7, 5212, 35, 1, 0, 2, 37))
> myV <- plotVenn(nVennObj = myV, setColors=c('yellow', 'turquoise', 'green')) 

И результат:

Просто пара вещей.Сначала я поменял цвета.nVennR использует непрозрачность, чтобы смешивать цвета, и поэтому вы получаете более слабые цвета по умолчанию.Во-вторых, форма маленьких наборов не идеальна.Это связано с алгоритмом упаковки кругов и должно происходить только в редких случаях, таких как крайний дисбаланс в размерах групп.