Я ищу способ передать цвет, как указано в конструкции узла NetworkX, на график Bokeh.
Существует несколько отличных способов реализовать цвет на графике Боке после его создания, например this , но это решение требует, чтобы я применил преобразование ко всему набору данных на основеприписывать.
Я хотел сделать что-то еще более простое и назначить цвет и размер в зависимости от того, что я назначил для них в NetworkX.Обычно я отображаю набор узлов 1 как красный, затем набор узлов 2 как синий в NetworkX, затем соединяю их через их взаимные края.Хотя цвета и размеры узлов не передаются в matplotlib, он IS передается в Gephi, когда я сохраняю файл как graphml, поэтому эти данные находятся где-то ..
import networkx as nx
from bokeh.io import show, output_file
from bokeh.plotting import figure,show
from bokeh.models.graphs import from_networkx #I haven't been able to use this!
from bokeh.io import output_notebook
from bokeh.models import HoverTool, ColumnDataSource
from bokeh.resources import CDN
from bokeh.embed import file_html
Dataset1 = ['A','B','C','D','E','F']
Dataset2 = ['ONE','TWO','THREE','FOUR','FIVE','TWENTY_EIGHT']
Edgelist = [('A','ONE'),('B','ONE'),('E','ONE'),('A','TWO'),('A','THREE'),('A','FOUR'),('C','THREE'),('D','FIVE'),('D',"TWENTY_EIGHT")]
G = nx.Graph()
G.add_nodes_from(Dataset1,color= 'green')
G.add_nodes_from(Dataset2,color='blue')
G.add_edges_from(Edgelist,weight=0.8)
layout = nx.draw_spring(G, with_labels=True)
nx.write_graphml(G,"TEST.graphML")
network = nx.read_graphml("TEST.graphML")
#start Bokeh code
layout = nx.spring_layout(network,k=1.1/sqrt(network.number_of_nodes()),iterations=100) #pass the NX file to a spring layout
nodes, nodes_coordinates = zip(*sorted(layout.items()))
nodes_xs, nodes_ys = list(zip(*nodes_coordinates))
nodes_source = ColumnDataSource(dict(x=nodes_xs, y=nodes_ys,name=nodes)) #Can this pass the color?
hover = HoverTool(tooltips=[('name', '@name')]) #would like to know how to add in more values here manually
plot = figure(plot_width=800, plot_height=400,tools=['tap', hover, 'box_zoom', 'reset'])
r_circles = plot.circle('x', 'y', source=nodes_source, size=10, color='orange', level = 'overlay')#this function sets the color of the nodes, but how to set based on the name of the node?
def get_edges_specs(_network, _layout):
d = dict(xs=[], ys=[], alphas=[])
weights = [d['weight'] for u, v, d in _network.edges(data=True)]
max_weight = max(weights)
calc_alpha = lambda h: 0.1 + 0.6 * (h / max_weight)
# example: { ..., ('user47', 'da_bjoerni', {'weight': 3}), ... }
for u, v, data in _network.edges(data=True):
d['xs'].append([_layout[u][0], _layout[v][0]])
d['ys'].append([_layout[u][1], _layout[v][1]])
d['alphas'].append(calc_alpha(data['weight']))
return d
lines_source = ColumnDataSource(get_edges_specs(network, layout))
r_lines = plot.multi_line('xs', 'ys', line_width=1.5,
alpha='alphas', color='navy',
source=lines_source)#This function sets the color of the edges
show(plot)
КогдаОткрыт в Gephi, цвет сохраняется: 
Я не совсем понимаю, как получить эти значения, используя функцию bokeh from_networkx.Кажется, что это не передает атрибуты, как ожидалось.Что на самом деле передается и как мне передать цвет?
Есть ли лучший способ просто назначить больше атрибутов через созданный ColumnDataSource?Я думаю, что-то похожее на передачу этого в информационный фрейм, добавление цветного столбца, а затем повторную генерацию ColumnDataSource, чтобы я мог получить цвета с помощью @node_color для каждого значения узла.
У меня есть списки каждого из этих наборов данных, поэтому можно ли их отфильтровать, например:
if node_id in list1:
node_color = "red"
node_size = 10
if node_id in list2:
node_color = "blue"
node_size = 20
I'mочень плохо знаком с боке, и, хотя кажется, что это должны быть простые задачи, я полностью потерялся в документации.Может быть, лучше просто создать сеть, используя чисто боке?