Вы можете использовать pd.Series.isin
с логическим индексированием:
A = pd.Series([2,3,4,6,7])
B = pd.Series([4,5,6,7,8,9])
res = B[~B.isin(A)].values
array([5, 8, 9], dtype=int64)
или вариант NumPy:
res = B.values[~np.isin(B.values, A.values)]
Вы также можете использовать set.difference
:
res = list(set(B) - set(A))
[8, 9, 5]
Обратите внимание, однако, что использование встроенных модулей с Pandas / NumPy обычно не оптимально.