Неожиданная ошибка символа в R, которая не соответствует моему коду - PullRequest
Новая
       37

Неожиданная ошибка символа в R, которая не соответствует моему коду

0 голосов
/ 07 декабря 2018

Я кодирую в R-studio и имею функцию saveResults().Требуется:

  • sce - объект эксперимента с одной ячейкой.
  • opt - список из пяти вещей
  • clusterLabels - простой кадр данных сдва столбца

Важно то, что я получаю сообщение об ошибке: 

Error: unexpected symbol in:
"saveResults(sce = sce, opt = opt, clusteInputs()
zhengMix"

, которое совсем не согласуется с параметрами, которые я передаю в функцию.Вы можете увидеть это в последней строке блока кода ниже: я передаю правильные параметры, но получаю сообщение об ошибке, в котором говорится, что я передал clusteInputs() и zhengMix вместо clusterLabels.У меня нет функции с именем clusteInputs(), а zhengMix было на несколько строк выше. 

# Save the clustering data
InstallAndLoadPackagesForSC3Clustering()
opt <- GetOptionInputs()
zhengMix <- FetchzhengMix(opt)
sce <- CreateSingleCellExperiment(zhengMix)
clusterLabels <- getClusterLabels(sce)
opt <- createNewDirectoriesToSaveData(opt)
saveResults <- function(sce, opt, clusterLabels){
    print("Beginning process of saving results...")
    maxClusters = ncol(clusterLabels)/2+1
    for (n in 2:maxClusters){
        savePCAasPDF(sce, opt, numOfClusters = n, clusterLabels)
        saveClusterLabelsAsRDS(clusterLabels, numOfClusters = n, opt)
    }
    saveSilhouetteScores(sce, opt)
    print("Done.")
}
saveResults(sce = sce, opt = opt, clusterLabels = clusterLabels)

У кого-нибудь есть идеи, что происходит?Я застрял на этом.

1 Ответ

0 голосов
/ 08 декабря 2018

Это не лучшее решение, но я исправил свою проблему, удалив код из функции и выполнив его там без проблем.

...