Благодаря Крису нам вместе удалось найти правильный ответ на этот вопрос: поскольку я использую Marked2 под самым последним macOS, правильное решение для обработки файлов уценки - установить рендеринг.на MultiMarkdown, а затем использовать строго
\\[ SOME EQUATION \\]
, а не
$$ SOME EQUATION $$
Тогда среда center будет работать правильно и с такими индексами, как $w_e$