Что ж, лучший путь, который вы можете выбрать, состоит в принятии стандарта SQL ISO.
Postgres и MySQL являются активными сторонниками, но я не знаю, могли бы вы сказать то же самое о SQL Server.
Во всяком случае, я думаю, что решение ORM может быть лучшим для вас, потому что обычно они очень хорошо абстрагируют эти различия.
Но если вы не хотите его использовать, вы всегда можете хранить свои запросы в разных репозиториях, каждый для определенной базы данных, и загружать их во время выполнения.