Оба варианта работают одинаково.Опция 1, webpack, будет обрабатывать babel-polyfill
как зависимость в дереве зависимостей.
Второй, webpack, будет обрабатывать babel-polyfill
как точку входа, где он будет пытаться сгенерировать граф зависимостей из того, который будет иметь 0 зависимостей.
Здесь нет реальной разницы, и никакое влияние на пакет результатов, оба будут содержать babel-polyfill в любом случае, и также нет никакого «предпочтительного» способа добавить это, сам babel ссылается на оба пути в своем руководстве.