Похоже, что некоторые значения из temp_Agtpinwb являются нулевыми значениями и перезаписывают ваши нулевые значения, вы можете использовать
UPDATE tbl_WBint
INNER JOIN temp_Agtpinwb
ON tbl_WBint.[Agent Pin] = temp_Agtpinwb.[Agent Pin]
SET
tbl_WBint.[Agent Pin] = [temp_Agtpinwb]![Agent Pin],
tbl_WBint.[WB Current] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB Current],0),
tbl_WBint.[WB Prior Year] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB Prior Year],0),
tbl_WBint.[WB Prior Year 3] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB Prior Year 3],0),
tbl_WBint.[WB Jan Count] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB Jan Count],0),
tbl_WBint.[WB Feb Count] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB Feb Count],0),
tbl_WBint.[WB Mar Count] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB Mar Count],0),
tbl_WBint.[WB Apr Count] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB Apr Count],0),
tbl_WBint.[WB May Count] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB May Count],0),
tbl_WBint.[WB Jun Count] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB Jun Count],0),
tbl_WBint.[WB Jul Count] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB Jul Count],0),
tbl_WBint.[WB Aug Count] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB Aug Count],0),
tbl_WBint.[WB Sep Count] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB Sep Count],0),
tbl_WBint.[WB Oct Count] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB Oct Count],0),
tbl_WBint.[WB Nov Count] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB Nov Count],0),
tbl_WBint.[WB Dec Count] = Nz([temp_Agtpinwb]![WB Dec Count],0);
NZ заменит ваши нулевые значения на нули.Если это так, я думаю, вам не понадобится и «инициализирующий запрос».