Даже если вы используете Cygwin, Mingw или другие GCC-подобные компиляторы в Windows (с или без Eclipse) - это все равно Windows и не обеспечивает 100% совместимые системные службы Linux.Таким образом, YMMV.
Windows 10 с WSL обеспечивает гораздо более совместимую среду Linux, а также настоящий компилятор Linux C со всеми включаемыми файлами.Если вам нужно просто запустить какую-нибудь программу для Linux, не затрачивая много усилий на адаптацию Windows, это путь.