Ну, это зависит от сервера, который вы используете, например: если вы используете apache для обслуживания своего проекта, вы, вероятно, сохраните его в /var/www/html...
Но нет места для хранения файлов вашего проекта.Храните их там, где вам удобно, где вам легко получить к ним доступ, и используйте virtualenv для инкапсуляции ваших библиотек, чтобы система оставалась неизменной.