Не удаляйте их, просто не беспокойтесь о получении их.Это является частью ценности подмодулей, вам не нужно извлекать или проверять то, что вам не нужно.
git submodule update --init --recursive - это команда для извлечения каждого подмодуля в поле зрения и затем повторения, пока больше не будет найдено.Это не то, что вы хотите, поэтому не делайте этого.
Составьте список того, что нужно сделать, и запишите это в сценарии.Вот для чего нужны сценарии, чтобы записывать общие последовательности команд.history|awk '$2~/git|cd/' может быть полезным, делайте любые исследования, которые вам нужны, а затем ищите свою историю, чтобы собрать свою зарплату.Вы хотите получить последовательность обновлений подмодулей cd и git, которая делает то, что вы хотите, вы должны были бы сделать этот список в любом случае, могли бы также сохранить его в форме, которую оболочка может использовать для повторения его по команде.