Я думаю, что лучше всего конвертировать их в другой формат. Если вы отображаете значки вручную, вы можете загрузить каждый из них, преобразовать его с помощью графической программы и загрузить на свой сайт.
Если вы делаете это автоматически, вам нужно посмотреть, какие инструменты обработки изображений вы получите на стороне сервера. Если вы используете PHP, это будут библиотеки GD или ImageMagick . Просто конвертируйте, например, в PNG, и кешируйте его на своем сайте.
Если IE не отображает файлы .ico, встроенные в страницу, маловероятно, что вы сможете отобразить его без какой-либо обработки. На самом простом уровне вы можете просто читать внешние изображения и подавать их как правильный тип пантомимы, не конвертируя их.