Ваш вопрос действительно: «Должен ли я написать в стандартный вывод или использовать собственный файл ввода / вывода».
Ответ будет в некоторой степени зависеть от того, как вы обрабатываете файл (можно ли его обрабатывать и выводить построчно), и насколько оптимально написан код ввода / вывода для вашего файла.
Вполне возможно написать код, который выводится непосредственно в файл, который работает медленнее, чем код, который пишет в стандартный вывод.