WGCNA - ошибка в функции labeleledHeatmap () - PullRequest
0 голосов
/ 14 февраля 2019

Я не могу создать карту с меткойHeatmap со своими собственными данными.Когда я пытаюсь это сделать, появляется это сообщение об ошибке:

"Error in .approxfun(x, y, v, method, yleft, yright, f) : 
  argument "n" is missing, with no default"

Используя пример для помеченной пометкиHeatmap () (https://rdrr.io/cran/WGCNA/man/labeledHeatmap.html), Я могу повторить ту же ошибку:

library(WGCNA)
nCol = 8; nRow = 7;
mat = matrix(runif(nCol*nRow, min = -1, max = 1), nRow, nCol);

rowColors = standardColors(nRow);
colColors = standardColors(nRow + nCol)[(nRow+1):(nRow + nCol)];

rowColors;
colColors;

sizeGrWindow(9,7)
par(mfrow = c(2,2))
par(mar = c(4, 5, 4, 6));

# Label rows and columns by text:

labeledHeatmap(mat, xLabels = colColors, yLabels = rowColors, 
               colors = greenWhiteRed(50),
               setStdMargins = FALSE, 
               textMatrix = signif(mat, 2),
               main = "Text-labeled heatmap");

Ошибка в .approxfun (x, y, v, метод, yleft, yright, f): аргумент "n" отсутствует, без значения по умолчанию. Дополнительно: Предупреждающее сообщение: в greenWhiteRed (50): WGCNA:: greenWhiteRed: эта палитра не подходит для людей с зеленовато-красной дальтонизмом (наиболее распространенным видом дальтонизма). Попробуйте вместо этого использовать функцию blueWhiteRed.

# Label rows and columns by colors:

rowLabels = paste("ME", rowColors, sep="");
colLabels = paste("ME", colColors, sep="");

labeledHeatmap(mat, xLabels = colLabels, yLabels = rowLabels,
               colorLabels = TRUE,
               colors = greenWhiteRed(50),
               setStdMargins = FALSE,
               textMatrix = signif(mat, 2),
               main = "Color-labeled heatmap");

Ошибкав .approxfun (x, y, v, метод, yleft, yright, f): аргумент «n» отсутствует, без значения по умолчанию. Дополнительно: Предупреждение: в greenWhiteRed (50): WGCNA :: greenWhiteRed: эта палитра неподходит для людей с зеленовато-красной дальтонизмом (самый распространенный вид дальтонизма). Попробуйте вместо этого использовать функцию blueWhiteRed.

Я использую WGCNA версии 1.66

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...