Лучшее решение состоит в том, чтобы не делать все вручную и полагаться на простое чтение данных.Также может быть полезно не очищать оси в каждом цикле.
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.animation as animation
fig, ax = plt.subplots()
line, = ax.plot([],[])
def animate(i):
x,y = np.loadtxt("data/example.txt", unpack=True, delimiter=",")
line.set_data(x,y)
ax.relim()
ax.autoscale_view()
ani = animation.FuncAnimation(fig, animate, interval=1000)
plt.show()