Генерация слов в Cplex

Question

Я довольно плохо знаком с программированием на CPlex и constrait и, похоже, не могу понять, как решить эту проблему.Если задана цель k и длина слова n , найдите набор из k слов ДНК длиной n .Слово ДНК - это строка над алфавитом {A, C, G, T} , которая удовлетворяет этим ограничениям:

• Для всех пар слов w1, w2 вмножество, расстояние Хэмминга между ними должно быть больше заданного значения, d

• Не менее 50% букв в слове должно быть G или C

• Для всех пар слов w1, w2 в наборе расстояние Хэмминга между w1 и дополнением Уотсона-Крика w2 должно быть больше заданного значения, d

  Уотсона-Крикадополнение слова w получается путем обращения w и замены всех букв «A» на «T» и наоборот, и всех букв «C» на «G» и наоборот.

Я пытался следовать примеру Vellino, но не могу придумать, как смоделировать цель максимизации.Не могли бы вы помочь мне начать этот маленький проект?Меня особенно интересует код за пределами блока "subject to".

Спасибо!

Answer 1

вы можете начать с

using CP;

int n=5;
range letters=1..n;
int k=5; // words
range words=1..k;
int d=3;

dvar int x[words][letters] in 0..3; // ACGT

subject to
{
forall(ordered i,j in words) d<=sum(k in letters) (x[i][k]!=x[j][k]);

forall(i in words) 
    count(all(j in letters)x[i][j],1)+
    count(all(j in letters)x[i][j],2)>=n/2;

forall(ordered i,j in words) d<=sum(k in letters) (x[i][k]!=(3-x[j][k]));
}

execute
{

function letterDisplay(n)
{
if (n==0) return "A";
if (n==1) return "C";
if (n==2) return "G";
if (n==3) return "T";
fail();

}


for(var w in words)
{
for(l in letters) write(letterDisplay(x[w][l]));
writeln();
}

}