Работает ли плагин Google Eclipse вообще с Pydev или он полезен только при разработке на Java?
Плагин App Engine Eclipse предназначен для разработки на Java. Как указывает Casebash, теперь Pydev имеет интеграцию с App Engine .
Вы действительно можете использовать Eclipse (и PyDev) для разработки на Python для App Engine - см., Например, здесь , например!