С помощью perl вы можете поместить произвольный код perl в текст замены:
perl -pe 's/^(....)(.*)/$1 . "X" x length($2)/e' <<END
1
12
123
1234
12345
123456
1234567
12345678
123456789
1234567890
END
1
12
123
1234
1234X
1234XX
1234XXX
1234XXXX
1234XXXXX
1234XXXXXX