Если я правильно понимаю, вы хотите, чтобы все элементы из всего файла в одном массиве.
Это можно было бы сделать так:
with open(filename) as f:
numbers = [
e
for line in f
for e in line.strip().split(',')]
int_arr = np.asarray(numbers, dtype=int)
После этого у нас есть:
>>> print(int_arr)
array([0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0])