Корень проблемы в том, что файлы находятся на одном и том же диске, и, в отличие от вашего двухъядерного процессора, ваш жесткий диск может одновременно выполнять только одну операцию.
Если вы читаете два файла одновременно, головки дисков будут переходить от одного файла к другому и обратно. Учитывая, что ваш жесткий диск может прочитать каждый файл примерно за 40 секунд, теперь у него есть дополнительные накладные расходы на перемещение своей дисковой головки между тремя отдельными файлами много раз во время чтения.
Самый быстрый способ прочитать несколько файлов с одного жесткого диска - это сделать все это в одном потоке и читать их один за другим. Таким образом, головка перемещается только один раз за чтение файла (в самом начале), а не несколько раз за чтение.
Чтобы оптимизировать этот процесс, вам нужно либо изменить свою логику (вам действительно нужно прочитать все содержимое всех трех файлов?). Или купите более быстрый жесткий диск / поместите 3 файла на три разных жестких диска и используйте многопоточность / используйте raid.