Вы создаете реальные даты из ваших данных, начинайте и заканчивайте.Затем вы создаете все возможные даты и присваиваете значение 0, затем обновляете для существующих.
import datetime
dates = ['2018-06-01', '2018-06-02', '2018-06-03', '2018-06-06']
occ = [3,5,3,7]
startDate = datetime.datetime.strptime( dates[0], "%Y-%m-%d") # parse first date
endDate = datetime.datetime.strptime( dates[-1],"%Y-%m-%d") # parse last date
days = (endDate - startDate).days # how many days between?
# create a dictionary of all dates with 0 occurences
allDates = {datetime.datetime.strftime(startDate+datetime.timedelta(days=k),
"%Y-%m-%d"):0 for k in range(days+1)}
# update dictionary with existing occurences (zip creates (date,number) tuples)
allDates.update( zip(dates,occ) )
# sort the unsorted dict, decompose its items & zip then, wich generates your lists again
datesAfter,occAfter = map(list,zip(*sorted(allDates.items())))
print(datesAfter)
print(occAfter)
print(allDates)
Вывод:
['2018-06-01', '2018-06-02', '2018-06-03', '2018-06-04', '2018-06-05', '2018-06-06']
[3, 5, 3, 0, 0, 7]
{'2018-06-06': 7,
'2018-06-05': 0,
'2018-06-04': 0,
'2018-06-03': 3,
'2018-06-02': 5,
'2018-06-01': 3}
Ссылка: zip ()