Отличная работа!
Чтобы использовать акцент, определенный в ресурсах приложения, я удалил акцент, определенный в Metro.xaml.Оставшаяся проблема - Акцент неактивного окна.
"WPF.MDI \ Themes \ Metro.xaml", закомментированная строка 10-12:
<!-- Deleted to use Accent defined in App.xaml -->
<!--
<Color x:Key="AccentColor">#CC161717</Color>
<Color x:Key="AccentBaseColor">#CC161717</Color>
<Color x:Key="AccentColor2">#868686</Color>
-->